Kerangka program diletakkan atas dasar visi dan misi dengan menggerakkan advokasi atau pembelaan hak-hak manusia yang berbasis pada pemantauan serta pemberdayaan anggota dan komunitas. Dengan kerangka ini PBHI berupaya untuk meningkatkan kapasitas kelembagaan atas tiga aspek, yaitu pemantauan, advokasi dan penguatan organisasi. Suatu advokasi hak-hak manusia yang efektif tidak mungkin ditempuh tanpa dukungan pemantauan yang meyakinkan dan basis organisasi yang kuat di mana potensi sumber daya anggota diutamakan.
Cakupan wilayah hak-hak manusia sangat luas, mulai dari kebebasan berpendapat sampai pada hak atas pangan dan perumahan. Namun supaya lebih realistis dan efektif, PBHI mencanangkan beberapa isu program yang semuanya dikaitkan dengan dampak terhadap reformasi hukum (legal reform). Tiga isu program yang dirangkum dalam Rencana Strategis 2007 – 2020 adalah: [a] Reformasi Sistem Peradilan, [b] Akses Keadilan, [c] Perlindungan, Peningkatan dan Pembentukan Pembela HAM, [d] Resolusi Konflik Sumberdaya Alam.
Program itu terdeskripsi dalam beberapa kegiatan seperti bantuan hukum (legal aid) dan advokasi, pendidikan dan pelatihan, studi hukum dan kebijakan, investigasi dan dokumentasi, publikasi dan penerbitan, diskusi dan kampanye publik, lobi dan desakan, serta jaringan kerja. Setiap aktivitas ini dijalankan sebagai kerja kolektif dan menekankan partisipasi anggota dan komunitas.